مسجد الشجرة يحدد الموضع الذي دعا فيه النبي ﷺ، بحسب الرواية، شجرةً فأقبلت إليه، شاهدةً بذلك على صدق نبوته أمام رجل مرتاب.
ففي رواية منقولة، سأل أعرابيٌّ النبيَّ ﷺ برهانًا على نبوته، فأشار النبي ﷺ إلى شجرة وأمرها أن تأتي، فانقلعت من مكانها وأقبلت إليه. ثم أمرها أن تعود إلى مكانها، فعادت إلى منبتها، ورجع الأعرابي إلى قومه واعدًا أن يأتي بهم.
سنن الدارمي، رقم 16 (عن ابن عمر رضي الله عنهما) · وفي رواية ابن عباس رضي الله عنهما أن عِذقًا نزل من النخلة إلى النبي ﷺ ثم عاد، فأسلم الأعرابي: جامع الترمذي، رقم 3628 · مسند أحمد
وهذه الرواية مروية من طرق عدة مع اختلاف في ألفاظها، وقد ذكرها ابن كثير وغيره من العلماء.
وبحسب بعض الروايات، يخلّد هذا المسجد أيضًا الموضع الذي توضأ فيه النبي ﷺ تحت شجرة، أو استراح في ظلها، عند عودته من إحدى الغزوات.
المسجد الحالي صغير، يتسع لنحو 300 مصلٍّ، ويقع في حي الحجون، قرب الطريق المؤدي إلى مقبرة المعلاة.
